Muzeum Archidiecezji Warszawskiej zostało otworzone w 1938 r. a pierwsza siedziba mieściła się na ul. Kanonia na tyłach Katedry św. Jana Chrzciciela. Zbiory muzealne podzieliły losy Warszawy w czasie II wojny światowej - zostały rozgrabione i zniszczone. Nieliczne udało się odzyskać. W okresie komunizmu władze państwowe nie wyrażały zgody na reaktywację placówki kościelnej w stolicy. Wytrwałe starania bł. Stefana Wyszyńskiego - Prymasa Polski doprowadziły to reaktywacji muzeum. Uroczyste otwarcie nastąpiło w kwietniu 1980 r. w nowej siedzibie na ul. Solec 61, w danym klasztorze Trynitarzy. W roku 2015 zbiory zostały przeniesione do przygotowanego na cele muzealne budynku dawnego Pałacu Dziekana, na ul. Dziekania 1. Muzeum powróciło w rejony katedry św. Jana Chrzciciela, gdzie 100 lat wcześniej rozpoczęto gromadzić pierwsze eksponaty z myślę o utworzeniu muzeum sztuki sakralnej.