Działalność wydawnicza jest nieodłączną częścią funkcjonowania muzeum. Katalogi „Wędrując… Drzeworyty japońskie z kolekcji Muzeum Narodowego w Krakowie” oraz „Lelewel. Rytownik Polski” zostały nagrodzone w dwóch konkursach wydawniczych.
Album „Hokusai. Wędrując… Drzeworyty japońskie z kolekcji Muzeum Narodowego w Krakowie” autorstwa Beaty Romanowicz, zaprojektowany graficznie przez Zbyszka Prokopa, otrzymał w I konkursie „Muzealna Książka Roku” nagrodę (ex aequo) za najlepiej wydaną edytorsko książkę oraz wyróżnienie w kategorii „katalogów wystaw”.
Natomiast katalog „Lelewel. Rytownik Polski”, pod redakcją naukową Janiny Wilkosz, zaprojektowany przez Radoszek Arts otrzymał wyróżnienie Nagrody Klio w kategorii edytorskiej.
