Instytucja przechowuje w swoich magazynach liczne obiekty, które obejmują m.in. archiwalia (dokumenty, rękopisy, korespondencję papieską, fotografie, pocztówki i pamiątki z pielgrzymek), a także zbiory audio-wizualne (m.in. unikatowe nagrania świadków życia Papieża Polaka), sztukę (obrazy, grafiki i rzeźby), paramenty liturgiczne i inne (np. oryginalną zastawę porcelanową, używaną przez Jana Pawła II w Watykanie czy pamiątki podarowane przez Papieża Benedykta XVI). Bogatą kolekcję stanowią również zbiory filatelistyczne (ponad 6 tys. sztuk) oraz zbiory numizmatyczne (ok. 500 sztuk, w tym 100 autorstwa wybitnych polskich medalierów).
Większa część zbiorów Muzeum pochodzi z darowizn od osób prywatnych oraz instytucji krajowych i zagranicznych (m.in. Archidiecezji Krakowskiej, Kapituły Metropolitalnej na Wawelu, Ośrodka Dokumentacji i Studium Pontyfikatu Jana Pawła II w Rzymie).
Nad całością zbiorów muzealnych czuwają wykwalifikowani pracownicy Archiwum, którzy pozyskują pamiątki związane z osobą Patrona instytucji, zajmują się ich ewidencjonowaniem i naukowym opracowaniem, a także dbają o ich bezpieczne przechowywanie i kompleksową konserwację.
Ekspozycja stała Muzeum łączy w harmonijny sposób zastosowanie nowoczesnych rozwiązań technologicznych z tradycyjną prezentacją eksponatów. Wśród najcenniejszych znajdują się pamiątki należące do rodziny Wojtyłów: złoty medalion z czterolistną koniczynką – własność mamy Papieża – Emilii oraz jej srebrna torebka, część zastawy stołowej, rodzinny album fotograficzny oraz pamiątkowy obrazek z I Komunii Świętej Karola Wojtyły. W zbiorach znajduje się też pamiętnik Danuty Pukłówny z wierszem wpisanym przez Karola 25 maja 1938 roku, a także sprzęt narciarski, jego trampki i latarka oraz inne przedmioty używane w czasie górskich wędrówek.
Na wystawie prezentowane są kolejne sutanny Jana Pawła II, w tym pierwsza papieska, w której 16 października 1978 roku pozdrowił wiernych, zgromadzonych na Placu św. Piotra.
Z tą datą związany jest podarowany Papieżowi przez Wandę Rutkiewicz kamień z Przełęczy Południowej, prowadzącej na Mont Everest, który w dniu wyboru kardynała Wojtyły na papieża zdobyła polska himalaistka.
W strefie ekspozycji nawiązującej do apostolskich pielgrzymek Ojca Świętego, w szklanej podłodze zgromadzono ziemię z blisko 100 miejsc, które pielgrzymując odwiedził w trakcie pontyfikatu. Można tu także zobaczyć komiks Marvela z 1982 roku, którego bohaterem jest Jan Paweł II czy makatkę z modlitwą „Ojcze nasz” w języku Indian Micmaców.
Najbardziej poruszające pamiątki dotyczą zamachu na życie Jana Pawła II: autentyczny pistolet Alego Agcy, garnitur papieskiego ochroniarza Francesco Pasanisiego splamiony krwią Ojca Świętego, a także wyposażenie pokoju szpitalnego Polikliniki Gemelli.
Z niemniejszymi emocjami ogląda się obiekty związane z odejściem Jana Pawła II do Domu Ojca: Pismo Święte, które w ostatnich dniach czytała Mu s. Tobiana Sobótka, zegar z papieskich apartamentów, zatrzymany przez kard. Stanisława Ryłko w godzinę śmierci Ojca Świętego (2 kwietnia 2005 o 21.37) oraz szaty kardynałów obecnych podczas Mszy Świętej pogrzebowej.
Źródło: Muzeum Dom Rodzinny Ojca Świętego Jana Pawła II w Wadowicach
