30 grudnia 2020 r. minister Piotr Gliński i prezydent Ostrołęki Łukasz Kulik podpisali umowę ws. połączenia Muzeum Żołnierzy Wyklętych w Ostrołęce (w organizacji) z Muzeum Żołnierzy Wyklętych utworzonym zarządzeniem Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego z dnia 12 sierpnia 2020 r. Umowa, która zaczęła obowiązywać 1 stycznia, dotyczy również utworzenia i wspólnego prowadzenia nowej instytucji kultury pod nazwą „Muzeum Żołnierzy Wyklętych”.
8 lipca 2020 r. minister kultury i prezydent Ostrołęki podpisali list intencyjny, w którym wyrazili wolę przeprowadzenia działań zmierzających do stworzenia warunków organizacyjnych i finansowych dla poszerzenia misji Muzeum Żołnierzy Wyklętych w Ostrołęce (w organizacji) poprzez realizowanie jej w formie państwowej instytucji kultury.
Od 1 stycznia 2021 r. nowoutworzone muzeum prowadzone przez MKDNiS oraz Miasto Ostrołękę jest wpisane do rejestru instytucji kultury, dla których organizatorem jest MKDNiS. Zgodnie z podpisaną umową, od 1 lutego jedynym organizatorem Muzeum Żołnierzy Wyklętych będzie minister kultury, dziedzictwa narodowego i sportu, który tym samym przejmie pełną odpowiedzialność za finansowanie jego działalności bieżącej i rozwoju, w tym budowy wystawy stałej. Dotychczasowi pracownicy Muzeum Żołnierzy Wyklętych w Ostrołęce (w organizacji) uzyskają możliwość kontynuacji zatrudnienia w Muzeum Żołnierzy Wyklętych, które stanie się z mocy prawa stroną dotychczasowych stosunków pracy.
Pełniącym obowiązki dyrektora Muzeum Żołnierzy Wyklętych będzie Janusz Józef Kotowski – dotychczas p.o. dyrektora Muzeum Żołnierzy Wyklętych w Ostrołęce (w organizacji).
