Powołana 1 lipca 1991 roku decyzją wojewody suwalskiego placówka pierwotnie funkcjonowała jako Muzeum Współczesnej Kultury Ludowej. Rok później jej nazwę zmieniono na Muzeum Kultury Ludowej. W tym roku obchodzi 30. rocznicę działalności.
Od 2006 roku Muzeum Kultury Ludowej w Węgorzewie jest instytucją samorządu województwa warmińsko-mazurskiego, a w roku 2012 zostało wpisane do Państwowego Rejestru Muzeów.
Oprócz gromadzenia zabytków etnografii, historii, archeologii i przyrody, dokumentacji naukowo-historycznej, technicznej, fotograficznej oraz zbiorów bibliotecznych, muzeum organizuje i prowadzi badania, ekspedycje naukowe czy prace wykopaliskowe. Uczestniczy w sprawowaniu opieki nad folklorem, sztuką ludową oraz rzemiosłem wiejskim i małomiasteczkowym, prowadzi także działalność oświatową i edukacyjną. Posiada zbiory związane z kulturą ludową wszystkich grup etnicznych, zamieszkujących Polskę północno-wschodnią
wylicza Gustaw Marek Brzezin, marszałek województwa warmińsko-mazurskiego.
Przy muzeum działa Ośrodek Szkoleniowy Rzemiosł Tradycyjnych i Artystycznych, który organizuje kursy i zajęcia z zakresu rzemiosł tradycyjnych i artystycznych dla osób w każdym wieku. Odbywają się one w trzech pracowniach: ceramicznej, tkackiej oraz kwiatów artystycznych.
W ostatnim czasie muzeum realizowało projekt „Rozbudowa, przebudowa, nadbudowa budynków Muzeum Kultury Ludowej w Węgorzewie wraz z zakupem trwałego wyposażenia na potrzeby działalności kulturalnej”. W ramach wartej 3 mln zł inwestycji, dofinansowanej ze środków unijnych, udało się zmodernizować budynek główny, powiększyć bazę lokalową, powierzchnię wystawienniczą, biurową i pracownię rękodzielniczą.
